O longa dá seqüência à Madagascar, que entre 2005 e 2006 arrecadou mais de US$ 190 milhões em bilheterias.
Todos os personagens da animação original voltaram: a girafa Melman, a zebra Marty, o leão Alex e a hipopótamo Glória. O cenário, porém, muda completamente quando os animais protagonistas tentam retornar à Nova York, mas vão, por engano, para a África, onde eles finalmente conhecem animais da mesma espécie.